Au-delà des clivages les plus visibles, universités / grandes écoles ou secteur sélectif / secteur non sélectif, c'est l'opposition entre secteur académique et non académique qui structure en profondeur le système d'enseignement supérieur français. En termes d'effectifs, chacun de ces deux secteurs représente un poids à peu près comparable : 57% des 2,3 millions d'étudiants sont inscrits à l'université, et 43% dans une des composantes du secteur non académique, constitué à titre principal des classes préparatoires et des grandes écoles, des STS et des IUT. Mais, en flux, ce sont moins de la moitié des nouveaux inscrits qui entrent chaque année dans le secteur académique.

Aucun autre pays n'a donné une telle importance et un statut aussi privilégié à une composante de son système de formation supérieure qui ne présente pas les caractéristiques habituellement rattachées à l'enseignement supérieur, à savoir une articulation étroite entre les missions d'enseignement et de recherche.

Compte tenu du fait que le système non académique représente aussi le système le plus sélectif, et évidemment de ce fait le plus valorisé sur le marché du travail, notre système décourage les meilleurs élèves, notamment dans les disciplines scientifiques, à se diriger vers des activités de recherche. Ils le sont d'autant plus que, en aval, le système économique sous-rétribue les carrières de chercheur.

Une autre conséquence, peu perçue, est que les élites françaises ne reçoivent pas une formation de type universitaire comme dans tous les autres pays. En effet, à quelques exceptions près, les grandes écoles "à la française" sont des établissements de formation professionnelle conformes à leur modèle d'origine. Les préoccupations de recherche y sont peu présentes et l'enseignement reste fondamentalement du type problem solving. Un modèle efficace dans les années soixante et soixante-dix, à l'époque des grands objets industriels - programme électro-nucléaire, aéronautique, transports ferroviaires, etc. Ceux-ci intégraient en effet beaucoup d'innovations de procédés, moins d'innovations technologiques et peu d'applications d'une recherche originale. Mais un modèle dépassé face à la révolution industrielle qui repose sur des secteurs - technologies de l'information, biotechnologies... - en prise directe avec la recherche fondamentale.